Z roku 1318 je nejstarší zmínka o Mikovicích. Jejich držitelé byli drobní světští feudálové, z nichž za zmínku stojí rytíři Boryňové ze Lhoty, jimž patřila ves a statek od roku 1524. Boryňové zde vybudovali centrum menšího panství s tvrzí a hospodářským zázemím, včetně pivovaru, vinic a bažantnice. Roku 1641 byl zadlužený statek Boryni prodán a od roku 1669 byl součástí velkého panství Zvoleněves vévodů Sasko-Lauenburských, později vystřídaných Toskánskými velkovévody a od druhé poloviny 19. Století samotnými panujícími Habsburky. Od roku 1918 byl majitelem dvora a pozemků stát. Tvrz však zanikla už v letech 1794-1845, rovněž tak stopy po těžbě uhlí a olova.
Protože stejně jako Minice ležely Mikovice na hlavní cestě z Prahy do Saska, byly mnohokrát postiženy průchody vojsk. Avšak procházela tudy i cesta poštovních dostavníků, která přinášela obci určité výhody. V polovině 17. století zde bylo 13 usedlostí, v roce 1848 57 domů a 531 obyvatel. V době připojení ke Kralupům, r. 1923, zde žilo přes 1 600 obyvatel.
Mikovice se staly III. částí města.
V minulém století se v Mikovicích těžilo uhlí, v našem století se zde nalézalo několik cihelen a keramická továrna známého rodu Biňovců.